Jobe Smith, un innocuo ritardato mentale, viene sottoposto a un trattamento farmacologico in laboratorio. L'obiettivo è dilatare e stimolare la sua intelligenza. La società di ricerca che lo sfrutta non ha però scopi pacifici; Jobe diventa anche la cavia di un esperimento che incrocia un incremento dell'aggressività con l'inserimento nella realtà virtuale.
Dopo la battaglia di A Baoa Qu, che segnò la capitolazione dell'esercito del Principato di Zeon e la vittoria della Federazione Terrestre nella Guerra di un anno, un gruppo di militari al comando dell'Ammiraglio Aguille Delaz, tra cui l'asso Anavel Gato, riuscì a sottrarsi alla disfatta, giurando di vendicare la sconfitta in un secondo tempo. Tre anni dopo, la corazzata federale di classe Pegasus denominata Albion, agli ordini del Capitano Ayper Synaps, parte per una missione segretissima verso