In un laboratorio segreto nel New Mexico scienziati e tecnici americani progettano i prossimi voli spaziali servendosi di NOVAC, un sofisticato cervello elettronico. Il lavoro è interrotto drammaticamente da una serie di malfunzionamenti che recano ingenti danni alle delicatissime strumentazioni e provocano la morte di alcuni addetti alla base.
Durante una spedizione di paleontologia lungo il Rio delle Amazzoni, un gruppo di scienziati si imbatte in una laguna rimasta immutata sin dalla preistoria. In questa laguna si nasconde una minaccia, Gill-Man, un ibrido metà pesce e metà uomo. Gli scienziati riescono a catturare il mostro solamente dopo che egli ha ucciso alcuni membri dell'equipaggio, ma riesce comunque a scappare. Nonostante l'opposizione del finanziatore della spedizione (che vedeva una possibilità di arricchimento) decidono
Dopo aver preso il posto del padre, il figlio del capo di una tribù Apache cerca di mantenere la pace, mentre suo fratello vuole partire per combattere e sconfiggere la cavalleria degli uomini bianchi.