Il manga racconta la storia di Naruto Uzumaki, un bambino di dodici anni con il sogno di diventare Hokage - il capo, nonché il ninja più forte, del suo villaggio. Il protagonista vive tuttavia l'infanzia nell'emarginazione a causa della Volpe a Nove Code che porta dentro di sé, sigillata - quando era ancora un neonato - dal Quarto Hokage nella speranza che un giorno riuscisse a controllarla. Iscrittosi all'accademia ninja come studente, va presto a completare il Team 7 insieme a Sasuke Uchiha
