Naruto Shippuden si svolge due anni e mezzo dopo che Naruto parte per allenarsi con Jiraiya. Al suo ritorno, Naruto scopre che tutti lo hanno superato di grado, e lui è rimasto indietro. Tuttavia, l'obbiettivo di Naruto è sempre quello di salvare Sasuke, per questo dovrà affrontare nemici sempre più pericolosi. Quando il piano dell'Akatsuki si dispiega, e Naruto lentamente si perde nella Volpe a nove code, diventa chiaro che più pericoli che mai lo attendono!